Si bien la fase de ocupación mejor conocida por las excavaciones en el cerro de Molinicos es el asentamiento ibérico, los hábitat en este lugar son muy anteriores, pueblos que vieron en este cerro un sitio inmejorable por sus posibilidades de defensa y de disponibilidad de recursos hídricos, a pesar de estar alejado de las principales vías de comunicación. En el cerro de Molinicos se atestiguan las siguientes fases:
FASE I: OCUPACIÓN ENEOLÍTICA DEL ENCLAVE: primera ocupación documentada en el yacimiento. Los hallazgos correspondientes al III milenio son poco significativos, al haberse encontrado en superficie, en su mayoría fuera de contexto, en las laderas del cerro; a esta época pertenecen parte de las obras de fortificación que sirvieron de origen a las estructuras posteriores que hoy se pueden contemplar. Los materiales más significativos de este período, a parte de las cerámicas típicas de esta cronología, son los punzones fusiformes de cobre batido, hachas pulidas de pórfido y basalto, útiles de sílex, botones de hueso de base triangular, con perforación en V.
FASE II: BRONCE MEDIO PLENO. La ocupación argárica se atestigua en todo el cerro. Esta es especialmente visible en las laderas del cerro donde se encuentran en superficie abundantes restos cerámicos y constructivos pertenecientes a esta cultura. Así mismo hallamos también testimonio de esta presencia cultural en la muralla; una de sus torres, en la esquina Noroeste del poblado, de planta circular y una altura conservada de más de cuatro metros con su revoque en barro en perfecto estado, parece corresponder en su construcción a esta época.
El poblado argárico, al contrario del asentamiento ibérico, debió ocupar únicamente la parte central del cerro, en el que se documentan viviendas con muros de poderosa factura que en época ibérica debieron estar parcialmente ruinosas usándose sus materiales en construcciones durante los ss. V y IV.
Las sepulturas en phitoi con interesantes ajuares y un excepcional estado de conservación, decorados con series de representaciones en pintura roja que permite relacionar este tipo de decoraciones con la pintura esquemática.
FASE III: TRANSICIÓN EDAD DEL BRONCE-HIERRO. A este periodo corresponden parte de las estructuras edificadas abocadas a la vertiente septentrional: son viviendas y almacenes de toscas e irregulares paredes, con inhumaciones infantiles en pithoi de pequeño tamaño y grandes silos para el almacenamiento de grano. En los últimos años de este período, las edificaciones coronaban la práctica totalidad de la muralla septentrional y occidental del poblado; de este modo en la parte superior de la muralla se documentan en las excavaciones viviendas, pero sobretodo fortificaciones y almacenes.
FASE IV: IBÉRICO CON INFLUENCIAS DE LOS CAMPOS DE URNAS. Esta fase se fecha desde principios del s. VI a. C hasta mediados del V. En este período cultural pujante, se construye en todo el perímetro del poblado, abandonándose en parte la muralla, que en el paso de los años se va degradando, edificando incluso sobre ella, dejando la parte central del cerro para una gran plaza o corralón, quizás destinado a guarecer al ganado, para cuya construcción se arrasan las construcciones de las fases anteriores.
En esta fase conviven las cerámicas a mano, con claras influencias de los campos de urnas, de cuerpo ovoide con boca estrecha y plana, pastas poco depuradas y decoración incisa, con las cerámicas a torno, rosadas, de buena calidad, vasos que se pueden calificar bajo el nombre genérico de cerámicas ibéricas.
Muralla.
FASE V: FASE DE IBÉRICO PLENO. Último período de ocupación del poblado. Conserva prácticamente las mismas características del anterior. De las construcciones y materiales exhumados se puede deducir el fuerte carácter agropecuario que caracterizaba su economía, construcciones que si bien son de una considerable importancia están muy alejadas de otras poblaciones más cercanas a la costa o a las grandes vías de comunicación al interior. Igualmente es perceptible un aumento de la calidad de vida atestiguado por la mayor presencia de objetos de importación (cerámicas áticas), aunque su número es inferior al de otros yacimientos.
Es en esta fase en la que se lleva a cabo la construcción de la gran entrada amurallada de la parte septentrional del poblado. La cerámica de fabricación local presentan una óptima factura y de pasta rosada. Un porcentaje muy alto de estas cerámicas corresponden a recipientes de almacenamiento.
Altillo.
FASE VI: ABANDONO. En la primera mitad del siglo IV a.C se produce el abandono del yacimiento. Se tapia la puerta de la muralla con mampostería, buscándose otro acceso secundario, más tortuoso, al yacimiento; se refuerzan las fortificaciones y se reparan las partes de la muralla que se habían degradado.
Se documentan algunos niveles de incendio en un considerable número de viviendas, conservándose en su interior todos los materiales que constituían el ajuar de la vivienda, tal como debían estar en el momento del siniestro. Todo parece indicar que el poblado debió tener un final súbito que impidió a sus habitantes seleccionar los objetos que podían llevarse a un posible y nuevo lugar de asentamiento, abandono que puede ponerse en relación con el segundo tratado entre Roma y Cartago, a mediados del IV a.C, debido al control púnico en zonas del interior con sus consiguientes exigencias tributarias.
Puerta.